虽然石钟山炮台依然牢牢掌握在清军手中，但欲突破楚军严密布防的湖口，最终还是要水师决胜。
为了兑现“首战即决战，一战定乾坤。”的豪言壮语，清长江水师提督万正色于第二日辰时，即领本部水师驶离了大孤山，一路向湖口方向逼来。
诚如赵国祚所言，如今正值四月，春暖花开，长江水位上涨，倒灌鄱阳湖，因此清军水师是逆流而上，万正色精通水战，他自然也注意到了这一点，因此他是令机动灵活的小船在前，行动缓慢的楼船巨舰在后，摆出了一副稳扎稳打的架势。
“发现敌舰！传令各船以纵列阵排开，准备火船和混江龙！”
清军水师主力抵达大孤山，楚军并不是不知道，其实连续攻打石钟山不克后，杨延迪和祖泽清就对湖口的防御做了重新的部署。
根据马仲英的作战计划，是要将清军水师主力封堵在鄱阳湖，在不能拿下石钟山的情况下，祖泽清另辟蹊径，提议在湖口对面的小池口修建木城，炮垒，甚至由火山灰修建的防御工事，如此亦能将清军水师关在鄱阳湖内。
但由于时间仓促，至清军水师抵达时，祖泽清也只在小池口草草布置了十余座土木结构的炮垒，这样的炮垒，根本不可能是清军楼船的火力所能抵挡的，因此杨延迪选择了主动出战，用他的话来说，就是把水师都打光了，也要拖延到小池口防线修建完毕。
楚军水师列阵处，位于石钟山以北四里左右的水域，这里距离湖口城不远，既能避开石钟山清军炮台的火力，亦能得到湖口西城观澜门炮台的火力支援。
“主力舰队继续向前，传令魏士勇，着他领本部水师，走湖口西侧水域突袭发匪水师和陆地的结合部，本将到要看看是发匪的防线坚固，还是我大清水师犀利！”
万正色显然也发现了楚军的意图，他的船队处于下游，加上楚军船队又有湖口城为依托，正面突破显然是不智之举，因此他选择了以点突破，把进攻的重心放在距离湖口较远的西侧水域，如此，便不虞楚军水师有湖口城的炮火助战。
“左满舵，快左满舵，全速压上，炮手准备点火！小船不允许脱离舰队，务必提防发匪纵火。”
自上次采石之战被楚军水师击退后，清长江水师参将魏士勇就憋了一口气，深谙水战的他，并不认为自己是败给楚军水师的，而是因为翠螺山高地被楚军占领，他实在难以面对从山顶炮台和楚军船队的交叉火力，这次，虽然水流并不利于大清军，但他战船强大的火力却足以弥补
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