看到郭巩落到如此下场，朝野上下顿时一片兔死狐悲之声。可朱由校却不为所动，又连下几道谕旨，让兵部和都察院抽调人手，准备分派到各地清点卫所兵丁。
此旨一出，朝廷上便一片寂然。此后，和地方军将有牵连的官员纷纷写信，告诫军将小心从事。而兵部和都察院却磨叽了数天，才提出了一份出京调查的人员名单。
名单到了御前，朱由校却一反常态，不紧不慢的搁置了数日，才下旨给内阁，让内阁拟定出京日期。内阁会意，也是不紧不慢的拖延着，最后定了个九月出京的日子上奏……
这下大家都明白了，皇上只是想敲打一下那些军将，并没有赶尽杀绝之意。但圣心难测，这么大的阵仗，肯定是看几个脑袋的，也不能不防。于是，便纷纷写信，告诉京外的军将亲友，让他们小心行事，莫要被皇上找了典型，误了性命。
与这些冠冕文章相比的，是皇上阅兵当日，便选派精干内侍，会同内阁中书舍人，带着圣旨快马赶赴辽东，清点辽东新军，务必要打辽东练兵大使朱童蒙一个措手不及……
但侥幸的是，朱童蒙不愧是干员，不但兵练得好，将基础的队列、军纪一一训练完毕，还加练了体能，每天早晨，朱童蒙带着兵卒亲自跑操已成辽阳街头一景……
接到辽东熊廷弼、杨涟、袁应泰、骆养性等人联名的奏章后，朱由校和朝廷上下都同时松了口气，两个练兵点尚有一个是在实心练兵，总算给皇上、给新军留了点面子。
朱由校慎重考虑后，索性把直隶的三千新兵调到了辽东，和辽东新兵合在一起，以军校批毕业生为基层骨干，组建大明新军第一师，暂交辽东经略府统帅，又授命朱童蒙，继续训练新兵。
大明新军第一师并不满员，目前只有六千兵力，还不足一个旅。在这只新的军队里，朱由校开创性的设置了一系列制度。在各级主官下，分设参谋部、政治部、后勤部，以参谋长、政治部主事、后勤部主事分掌军队的训练、作战、忠诚、后勤等事务。
新军以营为基础作战单位，营下辖四哨二什，合计作战兵力为四百二十人。主官为营长，另设参谋长、文书、后勤主事为佐官，又分派后备新兵八十人为日常勤务。并规定，每年老兵退役人数为八十人，新兵补充也是八十人。新兵入伍先做一年杂役，然后服役六年，战时另行规定。
营以下，设哨、什两级，分别设哨官和十夫长。哨辖十个十人队，哨官兼任第一什十夫长。另有政治部下派的文书，不算在内，也不
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