以下是“圣父”的命令：
有一些合成人失去了控制，他们正破坏着联邦的安宁，分裂着学院和废土，进一步污染人类的纯洁。
猎杀你们在废土找到的每一个非学院合成人，将他们的身体和技术完整的带回学院。
与他们相处的部分人类，不明白事件的真相，应该予以净化！
“你获得了学院主线任务【回收】！你获得了主要支线任务【净化】！”
任务奖励：
每将一具合成人尸体带回学院（联邦理工学院，学院阵营基地）你就能获得独特的100点阵营积分，并额外获得1点击杀数！
高级合成人能提供更多积分和击杀，具体数值根据完整程度计算！
击杀每一个你所见到了铁路，兄弟会敌人，普通居民或义勇军成员，会显示相应的腐化（辐射、敌意）数值。（前面的基础规则）
由于密涅瓦的存在，你发现了深藏于你合成人数据中的隐藏命令！
圣父：“学院董事会中有人背叛的我们崇高的事业，找到他背叛的证据，带回来！”
......
实际上，圣父的命令是有些奇怪的。
这里需要先提一脚废土世界学院的背景。
沈辰清楚，他前世游戏主角的儿子——尚恩，便是向他们这些发布命令的“圣父”。
而学院作为废土最大的幕后黑手，潜藏在联邦理工地下，遥控着整个废土世界，他们所仰仗的手段，便是他们这些合成人！
但是三代合成人的出现，由于他们生理接近人类，同时拥有相当高的智能，也就变成了动乱之源！
如果这样去看，圣父发布的命令，也就可以勉强解释了；一些混乱的合成人，以及铁路组织的暗中破坏，对学院在废土的行动造成了极其不良的影响。
可是，沈辰也知道，所谓合成人的“圣父”，学院的最高领导人尚恩，并不代表所有董事的意志，甚至他本身，也处于摇摆当中。
学院可是有一个计划，用完善的新型合成人，代替地面人，从而重塑联邦秩序，借用地表资源发展，随着时间推移，最终恢复到战前的模样。
那么，这个计划，不正和圣父的命令相反吗？
密涅瓦发觉的潜藏秘密，恰好解释了这个，由于玩家的加入（在世界法则的帮助下），尚恩清楚自己掌握了一支强大的合成人力量，已经拥有了改变学院内部势力比重的可能。
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