在回京师的路上，王锐思虑再三，最终还是将有人在神翼上暗中动了手脚之事密报给了朱由校。因为此事毕竟是非同小可，能在禁军的严密守护下神不知鬼不觉地就做了手脚，想来这幕后的黑手亦不简单，若是不查个水落石出又怎能令人放心？
朱由校闻报大怒，立刻将魏忠贤唤到驾前，严令他一回京师就即刻查明事情的真相，看看究竟是何人竟如此大胆，居然将黑手伸向了皇上，此事已与谋逆无异！
魏忠贤得知情况后亦是惶恐不已，立刻明白了事情的重要性。他也很想知道是何方神圣有这么大的胆子和能耐，所以当即派出了飞骑先行返回京师传喻钧命，东厂和锦衣卫得令后立时倾巢而出行动起来。
只可惜他们终究仍是晚了一步，当圣驾终于回宫时，得到的消息是皇上的贴身太监王炜不知何故突然服毒身亡。同时离奇死去的还有两个小黄门，二人的尸体是在宫后苑的荷花塘中被发现，身上没有发现任何的伤痕。
事情很显然与这三人有关，随之而来昨夜守护钦安殿的亲军首领谭超的证词也印证了这一点。可是继续查察的线索已然中断，朱由校怒不可遏，但除了将三人夷灭九族泄愤外也没有别的办法。倒霉的还有谭超，他与手下全部被拿入东厂的大狱严刑拷问。可他们确实是毫不知情，就算受遍了诸般酷刑也说不出个所以然来。
无奈之下此事只有暂时不了了之，王锐却留上了心，暗想这幕后的主使之人可说是神通广大，以他的所知除了魏忠贤外再想不出第二个人来。但从种种情况来看，此事显然非魏忠贤所为。这就不能不让人心生警惕了，看来朝廷这潭水确是太深太浑，远比想象的还要复杂得多。自己千万不能因暂时的得利而放松，“阶级斗争”的这根弦还是要时刻紧绷着才是！
虽然有这不愉快的小小插曲，但仍然不掩试飞大典的巨大成功。尽管这不是什么朝政与民生大事，可实现了自古以来人们就有的飞天之梦仍可说是惊世骇俗的事情，更何况这份功绩里还有着皇帝的一半？因此接下来百官朝贺万民欢庆，乃至于进行祭天祭祖都是顺理成章之事。
既然有这么大的功绩，自然少不了论功行赏。可是如何封赏既不宜皇帝一个人说了就算，也不宜交到朝堂上去由百官讨论，而是由皇帝和内阁辅臣们一起商量出个章程为宜。这是朝政要事的正规流程，只有照此办理才能减少很多不必要的麻烦，皇权与文臣集团的对抗性也正在于此。
第二日，朱由校就将信王、顾秉谦和黄立极等几位阁臣，还有
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